今年3月，在全国十届人大四次会议通过的《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》中，第四篇“加快发展服务业”、第十六章“拓展生产性服务业”里面单列一节“大力发展现代物流业”。此举标志着现代物流作为产业的地位在国家规划层面得到确认，这是我国现代物流业发展的必然结果。
为了解决物流企业税收政策方面存在的突出问题，国家有关部门相继采取了一系列政策措施。2003年，全国政协组织了对物流业的专项调研，在写给国务院的报告中，就反映了有关税收的问题。这个报告在2003年12月得到总理和几位副总理的批示。2004年8月，国家发改委等九部门据此出台了《印发关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》（发改运行[2004]1617号），其中特别强调：完善物流企业税收管理。明确指出：
一、合理确定物流企业营业税计征基数。物流企业将承揽的运输、仓储等业务分包给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去其他项目支出后的余额，为营业税的计税的基数。具体办法由国家税务总局制定。
二、允许符合条件的物流企业统一缴纳所得税。物流企业在省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域分支机构，凡在总部领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿的，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳。
根据上述精神，国家税务总局于2005年12月29日，以国税发[2005]208号文发布《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》。从2006年1月1日起，对国家发改委和税务总局联合确认的37家试点物流企业，进行有关物流企业营业税差额纳税的试点工作。
2006年3月18日，国家税务总局以国税函[2006]270号文，发出《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》。明确提出，物流企业在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构(包括场所、网点)，凡在总部统一领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳，跨区域机构不就地缴纳企业所得税。
这两份文件的出台，可以说从国家政策层面基本上解决了物流企业在税收方面遇到的突出问题，是国家有关部门支持我国现代物流业发展的重要举措，受到了业界普遍欢迎。但是，物流业是新兴的产业，涉及面非常广，再加上各地情况千差万别，对国家政策的理解和执行也不尽一致，在一些政策的执行过程中，就存在着这样或那样的问题，需要在实践中研究解决。就我本人的调查了解，大致有这样几个问题：
第一，关于物流企业的认定问题。这是地方税务部门提出的普遍问题，也是执行物流企业税收政策首先遇到的问题。虽然，我们已经有了《物流企业分类评估指标国家标准》，但这个标准的认定和执行还需要时间。我个人理解，就目前情况看，还应该以九部门文件为依据。这就是：本文所称物流企业是指具备或租用必要的运输工具和仓储设施，至少具有从事运输(或运输代理)和仓储两种以上经营范围，能够提供运输、代理、仓储、装卸、加工、整理、配送等一体化服务，并具有与自身业务相适应的信息管理系统，经工商行政管理部门登记注册，实行独立核算、自负盈亏、独立承担民事责任的经济组织。
第二，关于试点企业所属企业的问题。虽然在国税发[2005]208号文中有这样的表述：“对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业（以下简称试点企业）的有关税收政策问题通知如下。”但在具体执行中，还是有一些试点企业的所属企业不能够享受试点政策。这里边需要明确什么是所属企业，是全资子公司，还是绝对控股或相对控股的企业。
第三，关于自开票纳税人资格认定的问题。自开票纳税人有自有车辆数量的规定，这样不利于整合社会资源。特别是一些集团型物流企业，就集团本身来讲有足够的车辆，但具体到某一家下属公司，因为没有运输车辆而不能取得自开票纳税人资格，也就享受不到营业税差额纳税的政策。